臺南市長許添財等也因首長特別費案遭檢察官調查，臺南地檢署結束偵調，認定特別費是制度瑕疵問題，其中直接匯入私人賬戶一半的特別費屬首長實質津貼，許添財不予起訴。但是另一半首長特別費須要有發票報銷部分，檢察官發現副市長許陽明等3人申報不實被起訴。
起訴書中還對這個案件有法理性的闡述。臺南承辦檢察官陳明進認為，50多年來臺灣相沿成習的首長特別費，確有爭議，有制度上的瑕疵，若強行擬制被告有向會計人員施用詐術，不免令人有牽強附會或羅織罪名的誤解。司法者應站在歷史高點來觀察特別費的性質，不應該匠氣十足堆積木一般，將法律概念堆砌起來。
陳明進不同意臺北地檢署侯寬仁對馬英九的起訴理由，而且在自己擬定的起訴書中發揮了他的法律觀念，甚至指責侯寬仁羅織罪狀。
藍營內紛紛喊冤，同樣的首長特別費調查，厚此薄彼，完全是對馬英九實施政治迫害。綠營“立委”也大聲疾呼，指臺南地檢署此舉是刻意為馬英九脫罪。
為馬英九脫罪之說未免欺人太甚。起訴小馬哥明擺著是選擇性辦案，置人入罪。臺灣有6000多位行政首長都拿特別費，特別費一半匯入私人賬戶，這個制度沿襲了半個多世紀，有數十萬人照做，為什么要選在馬英九準備選“總統”之前，派員單單調查他？泛藍“立委”提請司法單位調查民進黨各首長，包括四天王等，拖拖拉拉到現在才剛剛偵結許添財案。起訴書大力為許添財開脫才是事實，只是南北兩地檢署的檢察官，對同性質案件的理解不一致，結論相異而已。民進黨上下經常揚言尊重司法，他們真正的意思可能是指有利于自己的司法判決才尊重，起訴書開脫了自己人許添財，但是也同時令國民黨的馬英九沾光，他們也不能容忍，天下哪里有處處自己占便宜的好事。
民進黨的前“立委”沈富雄認為臺南地檢署起訴書的論點，對馬英九的判決很有利，獲得一審無罪的可能性增加。馬已經從谷底走出來，日后他的聲勢將節節看漲。
出庭應審時，馬英九當然可以引用陳明進檢察官的法理概念，為自己做有利的辯護。他的首長特別費需要報銷部分沒有問題，另一半直接匯入賬戶照理不應當追究。本案將在4月3日開庭初審，主審的幾位法官，剛好就是審理吳淑珍公務機要費案的原班人馬。公務機要費案開庭10次，吳淑珍9次稱病不出庭，整個案子拖了兩個多月，毫無進展，這組法官對被告及辯護律師團深感無奈。馬英九聲稱開庭時絕不缺席，全力配合爭取及早結案，有模范生的表現，更能得到法官的好感。南北地檢署對同類案件的處理迥異，小馬哥今后會得到更多的同情票。
但是馬英九的路仍然充滿了荊棘。特別費案被起訴令他受傷頗重，辭去黨主席，面臨黨內挑戰，泛藍給大家即將四分五裂的印象，支持者心灰意冷。
蘇貞昌對于南北地檢不同調的現象有他的看法，認為兩份起訴書都很合理，因為其他首長沒有馬前市長那個樣子，所以首長的情形很清楚，整個案子可以清楚地看出來，個人造業個人要擔。蘇“院長”曾經說過首長特別費起自制度不良，是大家的共業，由大家一起承擔。但是馬前市長把私人賬戶中的首長費，申報為個人財產，是侵占行為。蘇貞昌一直緊咬住這點不放，蘇的首長特別費案還在調查階段，他希望大家一律以制度有瑕疵為由，不予起訴，但馬英九申報財產涉嫌侵占公款要追究，這樣處理對自己最有利。
檢察系統屬“行政院”和“法務部”，眾檢察官有多少獨立性依舊是一則沒有解答的習題。蘇掌握雄厚的行政資源，南北兩地檢單位是不是正依照蘇先生的劇本演出呢？
馬英九在南部某地訪問，受到一名婦女吼叫謾罵，要他不要再做“總統”夢了。這正代表了綠色陣營上下的極端恐懼，馬英九是位可怕的對手，他們最怕小馬哥。(作者：馬康莊 臺灣民意調查基金會秘書長)
