另一方面對于“新潮流系”的轉變，文章指出這是“同樣也是令人感到驚訝”，民進黨在成立初期，并不重視大陸情況研究。后來由陳忠信倡議成立“中國事務部”的前身──“中國事務委員會”，并親自出任其負責人。但在這時，“新潮流系”突然重視起大陸事務研究來，并由“系”內大老籌資支持有潛質者出外深造，還設法篡奪“中國事務部”權力，從中安插了骨干成員。這也是“新潮流系”控制民進黨中央文宣、民調、國際、“中國”等一級部門之說的來源。
文章分析指出，但“新潮流系”此時熱衷于大陸事務，并非是要積極推動兩岸經貿發展，而是要實踐其“臺獨”理論。民進黨的“臺獨黨綱”，就是由“新潮流系”發動并推動的。1998年2月民進黨所謂“中國政策研討會”上，“新潮流系”提出并捍衛其“強本漸進”主張，是“新潮流系”保守、僵化大陸主張的登峰造極。但在這次辯論中，“新潮流系”與提出“大膽西進”的“美麗島系”妥協，兩個對立的主張揉合為“強本西進”之后，“新潮流系”的大陸政策主張似出現了“頂峰效應”──發展到極頂后，再往前就是下坡了。“新潮流系”開始有了較為理智的大陸理論出現。
2004年“總統”選后，陳水扁忌懾于“新潮流系”的嚴密組織能力，與之疏遠，使到“新潮流系”大生“秋后扇”之感，開始滋生“逢扁必反”情緒，其中李文忠、段宜康等人的表現尤為突出。這次陳水扁在“元旦講話”中拋出“積極管理，有效開放”論后，“新潮流系”普遍持批評態度，連為參加黨主席補選而退“流”的翁金珠，周日在電視辯論中也公開提出批評。李文忠更針對陳水扁拒絕熊貓赴臺，語帶嘲諷的說，“難道大陸送熊貓，臺灣的小孩子就會支持統一？這根本是笑話”。
文章在最后指出，當然，“新潮流系”最近在對大陸經貿關系上的轉變，究竟是其本身立場的根本轉變，還是“凡扁必反”的情緒之作？還要仍需冷靜觀察。
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