6.22 “臺灣紅”負責人李慧芬隔海爆料表示，她的堂姐李碧君，常以陳水扁妻子吳淑珍的名義向她索取君悅飯店的住宿發票。
6.23 “審計部”派人查核陳水扁“國務機要費”的核銷情況，為期5天。
7.18 “審計部”證實，在“國務機要費”中確實找到君悅飯店的發票。
7.20 綠營核心人士指出，“國務機要費”中出現君悅飯店發票，應該是核銷澳洲“南線工作”專案“機密外交”部分費用單據，但“南線工作”的真實性引發外界質疑。
7.27 “審計部”還發現，2005年度“國務機要費”實際支出近4800萬元(新臺幣，下同)中，有高達3600多萬元未提供查核、無合格憑證，不合格率高達近77%。
7.31 國民黨“立委”邱毅強調，“國務機要費”出現嚴重弊端的時間是在2003年至2005年間，這三年的“國務機要費”總數為1.44億元，其中高達近億元的費用去向不明。
7.31 陳水扁首度證實，“總統府”有拿一些單據來核銷“國務機要費”，但強調“國務機要費”是挪做“秘密外交用途”，為了保密，又得應付“審計部”查核需要，所以才會拿其他單據來核銷。
8.7 查黑中心檢察官陳瑞仁前往“總統府”就訊陳水扁。
8.9 檢方首度約談扁妻友人李碧君，而李碧君承認，曾經把君悅飯店的發票轉交給吳淑珍，但聲稱不知道吳淑珍拿發票為何用。李碧君隨后被列為該案的被告。
8.14 李慧芬專門從澳大利亞返臺舉證扁、珍虛報“國務機要費”。檢方對李慧芬進行10多個小時的訊問。
8.20 檢方人員前往“玉山官邸”訊問吳淑珍。
9.5 陳水扁重申，有些“外交機密”工作不能經“外交部”，一旦“機密費”不夠用，就要動到“特別費”，因此“用其他單據發票把錢領出來”但都是用在公的方面，絕對沒有納入私人口袋。(資料來源：香港大公報）
